Michael s'est marié le 15 novembre 1996 avec une femme de confession Juive, Deborah Rowe, l'assistante de son dermatologue qu'il connaissait depuis 1981.
Ils ont eu un fils par insémination artificielle, qu'ils ont appelé Prince Michael Jr, né le 13 février 1997 et une fille de la même façon, appelée Paris Michael Katherine, née le 03 avril 1998 puis ont divorcé à l'amiable le 8 octobre 1999.
Le 24 février 2002, Michael a eu un autre fils, Prince Michael II (surnommé «Blanket») dont l'identité de la mère est restée confidentielle, et avec lequel il déclencha une grande polémique.